Sokan nem kedvelik a törpeharcsákat, legyen szó akár vadvízről vagy magán kézben lévő vízterületről. A törpeharcsa 1097-ben Magyarországra telepített állománya úgynevezett inváziós faj.

Ha túlságosan elszaporodi, akkor az ikra és az ivadékfogyasztása miatt a természetes vizekben, valamint a tógazdaságokban is kárt tud okozni, éppen ezért eléggé meg tudja keseríteni a horgászok életét ott, ahol fellelhető. Kevés hatásos módszer létezik a populáció csökkentésére, de egy lehetséges megoldás a törpeharcsafogó háló alkalmazása.

Fogása nincs korlátozva, sőt az intenzív vizeken indokolt a horgászatuk. Ha egy vízterületen túlságosan elszaporodik, akkor lehetetlenné teheti a hagyományos csalikkal történő horgászatot. Ilyenkor válogatás nélkül mindenre rákap, még a harcsázó szerelésre tűzött nagytestű keszegeket is megtámadja.